Prehodno okno upravljamo glede na raven čistoče čistega območja višje ravni, ki je z internetom povezano. Na primer, prehodno okno, povezano med kodno sobo in polnilnico, je treba upravljati v skladu z zahtevami polnilnice. Po opravljenem delu je upravljavec na čistem območju odgovoren za čiščenje notranjih površin prehodnega okna in vklop UV sterilizacije svetilke 30 minut.
1. Materiali, ki vstopajo in izstopajo iz čistega območja, morajo biti strogo ločeni od pretoka ljudi ter vstopa in izstopa iz posebnega prehoda za materiale v proizvodni delavnici.
2. Ob vstopu materialov, surovine in pomožne materiale razpakira oseba, ki je odgovorna za postopek priprave dela ali se počisti eksterior, nato pa se skozi okno za prenos pošlje v skladišče za začasno skladiščenje surovin in pomožnega materiala delavnice; notranji embalažni materiali se odstranijo iz zunanjega začasnega skladišča, potem ko je zunanja embalaža odstranjena, bo poslana v notranji prostor skozi okno za dostavo. Integrator delavnice in oseba, ki je zadolžena za procese priprave in notranje embalaže, obravnava predajo materialov.
3. Pri prehodu skozi prehodno okno je treba strogo izvajati "eno odprto in eno zaprto" zahtevo za notranja in izhodna vrata prehodnega okna, hkrati pa se vrata ne morejo odpreti. Odprite izhodna vrata, da najprej vstavite material in zaprete vrata, nato pa odprite notranja vrata, da vzamete material ven, zaprite vrata in tako naprej.
4. Ko se materiali na čistem območju pošljejo, je treba materiale najprej prenesti na ustrezno vmesno postajo materiala, nato pa se premakniti iz čistega območja v skladu z obratnim postopkom ob vstopu materialov.
5. Vse polkončane izdelke, ki se prevažajo iz čistega območja, je treba poslati iz dobavnega okna v zunanjo začasno skladišče, nato pa ga preko logističnega kanala prenesti v zunanjo embalažo.
6. Materiale in odpadke, ki lahko povzročijo onesnaževanje, je treba prenesti na območje, ki ni čisto, iz namenskega prenosnega okna.
7. Po vstopu in izstopu materiala očistite čistilnico ali vmesno postajo ter pravočasno higieno prehodnega okna, zaprite notranja in zunanja prehodna vrata prehodnega okna ter dobro opravite čiščenje in razkuževanje.